Hola que tal, bueno lo que yo use fue abrir el PDF y vaciarlo en uno nuevo y este ponerle la firma ( Aqui esta un ejemplo en este link:
http://www.forosdelweb.com/f29/abrir...tsharp-962089/ )
Esto lo hice con el iTextSharp 5.1.2.0 ( La mas nueva ) y C#. La firma no recuerdo bien como ponerla, pero en google encontraras ejemplos de como ponerla.
Ojala y te sirva
