Es un problema tuyo, no de print_r.
Veamos: tu haces esto:
Código PHP:
$dominios=mysql_fetch_array($consulta);
Y luego el print_r. Mysql_fetch_array devuelve... cada vez que lo ejecutas.. UN registro. Por eso solo te sale uno. Puedes ver la documentación
aqui, y verás que dice:
Devuelve un array que corresponde a la fila recuperada
Un saludo!