No entiendo exactamente... ¿eres el dueño de esos elementos?
La mayoría de los servidores FTP soportan el comando chmod (siempre que seas el dueño de los ficheros o directorios cuyos permisos quieres cambiar).
A ver si lo entiendo... ¿un script PHP crea unos ficheros y quieres borrarlos o cambiar sus permisos?
<?php
system("comando");
?>
Donde comando puede ser el comando que necesites, por ejemplo "chmod 755 dir/". Si no es esto lo que dices explícate un poco mejor
Un saludo,