La desfragmentación de discos nunca es completa.
En muchos casos debes liberar espacio, desinstalar programas instalados hace tiempo y no solo los que al final casí nunca o jamás utilizas. Y mover archivos de gran tamaño a otra unidad o medio de almacenamiento, comprimir archivos de poco tamaño de preferencia si vas a crear un respaldo que sea en otra unidad, y de la cual también debieras crear respaldos, por ej. en otro disco duro.
La herramienta Liberador de espacio en disco de Windows además de encontrar archivos innecesarios aunque se vuelven a crear -la ídea es liberar espacio- en la sección |Más opciones| te sugiere eliminar los puntos de restauración excepto el más reciente (asegurate de que no necesitas restaurar sistema, el sistema funciona normalmente ni ha tenido problemas en el último mes). Además te da acceso al panel de Programas y características para desinstalar programas, lo mismo que ir al Panel de control> Programas y características.
Yo incluso desinstalo los programas de uso frecuente porque son los que contienen más archivos fragmentados, muchos de estos incluso son inaccesible e inamovibles lo que implica que el Desfragmentador de Windows y el de terceros los omite, y no solo porque se encuentran en uso sino porque están protegidos. Usualmente se crean al instalar suites ofimáticas, firewall, antivirus, etcétera.
La fragmentación de archivos se acelera cuando...
Comienzas a utilizar programas (incluyendo videojuegos) que no ejecutabas hace tiempo.
Si eliminas archivos antiguos la fragmentación de directorios y archivos, y del espacio libre se incrementan (principalmente los segmentos de espacio libre aumentan, y se hace muy dificil escribir y leer información porque los cabezales deben realizar varios intentos saltando los clústers marcados como vacios hasta completar la lectura de un solo archivo y luego debe eliminarlos, y deben escribir para borrarlo. Además deben registrarse los cambios en las tablas del sistema de archivos, y dichas tablas son las que no siempre se actualizan y contienen errores, y de ahí la importancia de usar Scandisk, y si encuentra errores la recomendación siempre ha sido -no lo permitas- debes simplemente tratar de liberar la mayor cantidad de espacio libre, y de seguro que el problema desaparece al volver a comprobar con Scandisk (debes ejecutar Scandisk o |Comprobar ahora] de las herramientas de disco en las Propiedades de la unidad desactivando la casilla de reperar errores automáticamente, y sin activar jamás la segunda porque intentará recuperar archivos y reparar los sectores dañados lo que en la mayoría de los casos daña irreversiblemente el sistema de archivo o convierte el disco en disco RAW sin formato, o te convierte todos los archivos del disco en archivos basura, o desparece la partición, y sino cada vez que enciendas o reinicies se va a iniciar la Comprobación de unidades).
La fragmentación ocurre incluso aunque no se modifiquen archivos. El solo accesarlos puede producir fragmentación (mover datos de los archivos accedidos) dado que el desfragmentador de Windows integrado que corre en segundo plano fragmentando y desfragmenta constantemente.
Recomedaciones:
No elimines archivos mientras estés bajando archivos. Evitalo si las descargas y los archivos que vas a eliminar se encuentran en la misma partición, es igual si estas ejecutando suites ofimáticas o de diseño gráfico, de programación y diseño de aplicaciones, etcétera. Del mismo modo debes evitar cualquier operación masiva con archivos (copiar o mover una gran cantidad de archivos).
No todos llegan a comprender que instalar un disco duro adicional reduce el desgaste innecesario del disco principal. Dado que disponer de un solo disco duro -incluso con una sola partición- Acelera el desgaste de sectores donde se crearon los clústers o unidades de asignación del sistema de archivos, y la fragmentación de los archivos del sistema es lo que se denomina desgaste del sistema operativo. Es conveniente desfragmentar regularmente, y formatear para comenzar de cero para no tener que llegar a la necesidad de dar formato físico al disco duro, y antes de que produzcan fallas mecánicas.
Evita superpoblar carpetas almacenando todo en un solo directorio. Crea carpetas para cada cosa, no seas más del montón que almacena todo en Mis documentos. Evita las descargas P2P porque dañan el sistema de archivos.