sello digital con llave privada

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Si es con .net, usas las bibliotecas de criptografia que trae para acceder al .key y generar el sello.
Ejemplo:
String filename = rutaArchivoKey

StreamReader sr = File.OpenText(filename);
String pemstr = sr.ReadToEnd().Trim();
sr.Close();


rsa = opensslkey.DecodeDERKey(rutaArchivoKey, passwordArchivoKey);
Byte[] bytesFirmados = rsa.SignData(System.Text.Encoding.UTF8.GetBytes(ca denaOriginal), lhasher);
string resultadoFinal = Convert.ToBase64String(bytesFirmados);