Guardar información

[agiler]

Hola, como podrán comprobar en mi pregunta soy algo novato en Java.
Se usar MaySQl, y he guardado información en un .txt.
Mi pregunta es aparte de estas 2 formas, para el almacenamiento de datos, normalmente al crear un programa como puede ser una agenda como se guardan los datos?
Me suena que en Windows es algo como los .ini, pero no tengo ni idea de lo que es.
Si me la responden para Linux genial también.
Gracias de anticipo, por el interés :)