Cuando usas url amigables, lo recomendable es que en todos los enlaces qeu pongas, tanto dentro de tu web como fuera, sean ESAS url amigables y no las reales con las variables. Primero para que google no lo considere contenido duplicado, lo segundo para hacer algo más seguro en cuanto a inyecciones y otros ataques.
Es decir, la solución es poner directamente:
<a href="blabla/bleble/999"> link </a>
Saludos