es que si es como lo estas indicando no es necesario si quiera que utilices el str_replace, ya que no estas utilizando el bind-param sino que estas colocando el string con los id sin pasarlo y esto lo puedes hacer directo en la consulta sin problema alguno, el problema con los IN sql y PDO es que no puedes pasarle varios parámetros, pero si lo haces manual como lo estas haciendo no hay necesidad de complicarse tanto, saludos