Gracias carlos_belisario, al final la solución que encontré fue más facil aún, si es que a veces lo mas evidente nos lo saltamos xDD
Lo que recibo del formulario no son arrays, los dos listas de valores que no dejan de ser simples cadenas separadas por comas.
Código PHP:
Ver original$consulta="SELECT *
FROM tabla
WHERE ciudad_id = :ciudad_id
AND descuento BETWEEN :descuentoA AND :descuentoB
AND precio BETWEEN :precioA AND :precioB
AND partner_id in (#PARTNER)
ORDER BY precio";
$lista1 = '1,2,3,4';
$arraylista1 = explode(',',$lista1);
y el mismo procedicimiento haría con la otra lista. De esta manera aún podría usar la clase PDO para tratar el resto de variables.
Saludos