Si los contenidos van a ser radicalmente diferentes, entonces me inclinaría a hacer una segunda instalación de WordPress y manejarla de forma independiente. Podés colocarla en un nuevo directorio o en un subdominio (que es lo mismo casi...).
Ahora bien, si querés mantener todo en una sola instalación se puede hacer perfectamente mediante el uso de condicionales. Si estás en determinada página, que cargue determinada plantilla de estilos, determinados menús, etc.
http://codex.wordpress.org/Conditional_Tags