Ya he conseguido lo que necesita, os pongo el codigo para que lo veais.
Al final he conseguido que la pantalla se quede bloqueada con un div transparente que ocupa todo.
CSS
.cargando {
width: 100%;height: 100%;
overflow: hidden;
top: 0px;
left: 0px;
z-index: 10000;
text-align: center;
position:absolute;
background-color: #FFFFFF;
opacity:0.6;
filter:alpha(opacity=40);
}
html :
<div id="bloquea" class="cargando" style="display:none;">
<img style="margin-left: 5%;margin-top: 15%" alt="Espere..." src="imagenes/loading.gif" />
</div>