Hola. No se si será eso, pero has probado con / delante?
redirect 301 /motor.php?id_pagina=pagina/subpagina
http://www.midominio.com/pagina/subpagina
También puedes usar Rewriterule:
RewirteRule ^motor.php?id_pagina=pagina/subpagina$ /pagina/subpagina [L, R=301]
o generalizando la regla
RewirteRule ^motor.php?id_pagina=(.+)/(.+)$ /$1/$2 [L, R=301]
Lo que no sé es si esto que intentas hacer te generará redirecciones cíclicas o qué...
En ese caso, la alternativa correcta sería usar en tus páginas el rel=canonical con la url amigable, enviar un nuevo sitemap a google con las url nuevas, y esperar a que poco a poco vaya desindexando las antiguas...
Saludos