Disculpas por doble posteo, pero creo que la ocasión lo merece, pues ya tengo la solución. Resulta que me he picado y acabo de comprobar que había diferencias en el código entre el loop-index y el loop-category, he puesto el mismo y ¡funciona!
Aquí va el código. Solución:
Código:
<div id="nav-below" class="navigation">
<div class="navigation2">
<?php
global $wp_query, $wp_rewrite;
$wp_query->query_vars['paged'] > 1 ? $current = $wp_query->query_vars['paged'] : $current = 1;
$pagination = array(
'base' => @add_query_arg('paged','%#%'),
'format' => '',
'total' => $wp_query->max_num_pages,
'current' => $current,
'show_all' => false,
'type' => 'plain'
);
if( $wp_rewrite->using_permalinks() )
$pagination['base'] = user_trailingslashit( trailingslashit( remove_query_arg( 's', get_pagenum_link( 1 ) ) ) . 'page/%#%/', 'paged' );
if( !empty($wp_query->query_vars['s']) )
$pagination['add_args'] = array( 's' => get_query_var( 's' ) );
echo paginate_links( $pagination );
?>
</div>
</div><!-- #nav-below -->