el directorio local es el que crea TB por defecto apenas lo instalas, si bien como dices puedes tener varias cuentas cada una con su directorio local propio, si te fijas en la configuración siempre tienes la opción decirle que quieres volver a usar el directorio local por defecto (carpetas locales), sobre esa base pues si tiene lógica que se conserve dicha carpeta, aparte que si no la usas solo te consume unos cuantos kb en disco.
en caso se te ocurra hacer la prueba, te recomiendo primero hacer un backup, que recuerde antes de hacer el cambio de directorio había que migrar el correo o algo así porque corrías el riesgo de perderlos, bueno la prueba me parece que la hice con el TB 2.0 hace años
