No es mas sencillo asi ?
Código PHP:
$frutas = array('pera' => 'pera', 'manzana' => 'manzana');
$verduras = array('tomate' => 'tomate', 'lechu' => 'lechu');
$comida = array('frutas' => $frutas, 'verduras' => $verduras);
echo "mi fruta preferida es la : ".$comida['frutas']['pera'];
Suerte