cuando tienes instalado un sitio en una url distinta a la base por ejmplo
sitio.com/tusitio
donde en la carpeta tusitio esta el index que arranca la aplicacion debes setear el baseUrl para q agregue en todas las url "/tusitio"
para esto debes agregar esta linea en el archivo de configuración
Código ini:
Ver originalresources.frontController.baseUrl = "/tusitio"
con eso se soluciona tu problema
saludos