La primera es para decrarar la version de DTD (Data Definition Type) que usas.
Indican cómo procesar la información que contiene el documento
El correcto para tu web:
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Frameset//EN"
"http://www.w3c.org/TR/html4/frameset.dtd">
Aunque no hay diferencia al ponerlo o no.
El segundo, ni idea