Hola:
Lectura recomendada:
Formularios y enlaces dirigidos a ventanas. La idea es poner en el href la dirección del enlace y abrir el popup sin url (primer parámetro como cadena vacía), y luego hacer coincidir el target del enlace con el nombre de la ventana...
cuando en el enlace pones "#", estás indicando que se enlace al principio de la página (enlace interno)... otra alternativa que no recomiendo es cancelar el enlace con return false, pero no lo recomiendo porque no lo veo semánticamente correcto (poner un enlace para cancelarlo

¿?)
Saludos