otra solucion es ponerles clave a tu ficheros por ejemplo en mi pagina
www.publicidadveracruzana.com la tengo hecha con joomla y como no quiero que nadie entre por hay pues al fichero administrator le puse clave aqui lo puedes ver mas claramente
www.publicidadveracruzana.com/administrator puedes hacer lo que hice con cada fichero que tengas aunque le pongas el mismo usuario y la misma clave a todos con eso quedaran protegidos
bueno esta es otra sugerencia suerte