Mira a ver si esto te resuelve. No lo he probado, puede tener algún errorsito. Pruébalo:
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<script langueje="javascript"> function Calcular(id){
dias = document.getElementById('dias'+id).value;
sueldo_basico = document.getElementById('sueldo_basico'+id).value;
sueldo_quinc = document.getElementById('sueldo_quinc'+id);
sueldo = sueldo_basico * dias;
sueldo_quinc.value = sueldo;
}
<!---------------------------------------------------------------------->
<form action="nomina.php" method="post" > <table width="750" border="0" class="tabla2"> <td colspan="5" class="td2" bgcolor="#95bce2">UNIDAD EDUCATIVA
</td> <td colspan="5">NOMINA PARA EL PAGO DE SUELDOS EMPLEADOS
</td> <td width="7%">Desde:
</td> <td width="15%"> </td> <td width="7%">Hasta:
</td> <td width="16%"> </td> <table width="750" border="1" bordercolor="#95bce2" class="tabla3"> <td>SUELDO B. QUINCENA
</td> <td>TOTAL DEDUCCIONES
</td> <?php
$rs = mysql_query("SELECT * FROM empleados ORDER BY id_empleado ASC");
$i=0;
while ($result = mysql_fetch_array($rs)) {
$i++;
$id_empleado = $result['id_empleado'];
$ci = $result['ci'];
$pnombre = $result['pnombre'];
$snombre = $result['snombre'];
$papellido = $result['papellido'];
$sapellido = $result['sapellido'];
$cargo = $result['cargo'];
$sueldo_basico = $result['sueldo_basico'];
//$sueldo_quin = number_format(($sueldo_basico*$dias),2,'.','');
$ivss = number_format(($sueldo_basico*4/100),2,'.','');
$paro_for = number_format(($sueldo_basico*0.5/100),2,'.','');
$lph = number_format(($sueldo_basico*1/100),2,'.','');
$sueldo_diario = number_format(($sueldo_basico/30),2,'.','');
echo '
<tr>
<input id="sueldo_basico'.$i.'" name="sueldo_basico'.$i.'" type="hidden" value='.$sueldo_basico.'/> <td>'.$id_empleado.'
</td> <td>'.$papellido $sapellido.'
</td> <td>'.$pnombre $snombre.'
</td> <td><input name="dias'.$i.'" type="text" id="dias'.$i.'" size="2" onchange="Calcular('.$i.')"/></td> <td>'.$sueldo_basico.'
</td> <td><input name="sueldo_quinc'.$i.'" type="text" id="sueldo_quinc'.$i.'" size="5" /></td> <td><input name="otros_ing" type="text" id="otros_ing" size="5" /></td> <td><input name="otros_desc" type="text" id="otros_desc" size="5" /></td> }
mysql_close($conn);
?>