Hola amigo, primero te recomiendo leer un poco sobre SQL o MySQL, pues la verdad es algo complejo lo que pides, lo es para mi; sin embargo, se me ocurre algo como esto: con alguna herramienta de programación o quizá con el mismo MySQL ejecuta un procedimiento almacenado que realize el conteo y la insercción, te paso parte de mi codigo para el contador y creo que le puedes agregar un insert, no te desarrollaré todo el codigo pero al menos para que te des una idea:
Código:
CREATE DEFINER=`root`@`localhost` PROCEDURE `InsertPaci`( )
BEGIN
DECLARE Corre int;
SET Corre=((SELECT uro_ipPaciente
FROM documento uropaciente ORDER BY uro_idpaciente DESC limit 0,1 )+1);
if corre is null then
set corre=1;
end if;
INSERT INTO uropaciente(aqui especifica los campos que quieres llenar) FROM pacientes (aqui especifica los campos a copiar de la tabla grande);
END
bien, de hecho el codigo tiene errores asi que lee sobre SQL, púlelo y ejecutalo a ver que tal, espero haber ayudado.