Ya lo logre, gracias :)
Código PHP:
cadena1=04123456
cadena2=12345604
if(cadena1.substring(0,8))
{
CadenaArreglada=cadena1.replace(/04*/,'')
CadenaArreglada=CadenaArreglada.substring(0,6) ;
}
else{
CadenaArreglada=cadena2.replace(/04$/,'');}
CadenaArreglada=CadenaArreglada.substring(0,6);