buenas,
con expresiones regulares y el método replace, es bien fácil. solo debes componer un patrón donde la secuencia esté anclado al inicio y final del string.
/^secuencia|secuencia$/g. en términos humanos, el patrón dice
si el string comienza con la secuencia ó termina con la secuencia. como primer argumento de replace, le pasas el patrón y como segundo argumento un string vacio.