Para mi Rails tiene demasiadas dependencias como para quitar carpetas, existen las Rails engines que son como Rails apps que puedes acoplar a otra Rails app, no he trabajado con esto asi que podrias investigar si sirve para lo que quieres hacer
http://railscasts.com/episodes/149-rails-engines http://asciicasts.com/episodes/149-rails-engines http://edgeapi.rubyonrails.org/class...ls/Engine.html
Sugeria Sinatra o Padrino porque puedes montar otras apps dentro de ellas y hacerlas menos dependientes unas de otras, eso si lo he trabajado con Padrino.