A ver si entiendo.
Vos decís de cargar en el div el iframe con ajax y en el iframe cargar el pdf?, podría ser.
create un html con
<iframe width="800" height="500" src="pdf.php"></iframe> y cargá ese html en el div, es cuestion de probar.
ó dentro del div que carga ajax poner
<div>
<iframe name="pdf" width="800" height="500" src="pdf.php"></iframe>
</div>
al iframe le das display:none en el css y con el link cambias la propiedad por display: block;
Experimentá un poco
Saludos