Prolemas con inicio de sesión en sitio conectado con MySql

[gnzsoloyo]

ya he creado un usuario manualmente en mysql pero no se si esta bien el registro, mi duda es si se tiene que hacer un paso mas.. o como debe hacerse el primer registro de un usuario administrador (con todos los permisos) en mysql o de plano esto se hace en en el php del CMS?

Te insisto en que como son sistemas independientes, el que generes el usuario en MySQL no hará que ese usuario sea "visible" en el Apache.
En cuanto a la administración de usuarios en MySQL (como en cualquier DBMS que se respete), el crear un usuario no implica que ese usuario pueda hacer algo en el MySQL. Para ello tiene que tener permisos, los cuales se dan por medio de la sentencia GRANT (Ver 13.5.1.3. Sintaxis de GRANT y REVOKE).
Cuando creas un usuario simplemente con

Código MySQL:

CREATE USER usuario IDENTIFIED BY PASSWORD 'password';
 

el usuario existe en la tabla de users, pero no puede hacer absolutamente nada. Ni siquiera conectarse, porque su conexión se cae instantáneamente al carecer de permisos.
Mira el capítulo de GRANT y verifica qué permisos tiene tu user.