que tal,
Si imprimes tu consulta, verás que el problema son unas comillas que le agrega automáticamente, para evitar esto le pasas un tercer parámetro con el valor false. Quedaría así:
Código PHP:
$this->db->where("MATCH(Titulo, Noticia)AGAINST('".$busqueda."')", NULL, FALSE);
Puedes ver mas info en la guía de usuario
http://codeigniter.com/user_guide/da...ve_record.html.
Saludos.