He conseguido solucionarlo...Tenia varios problemas a parte del expuesto. Al final lo he hecho con un index.php que redirecciona al directorio.
Código:
<?php
header ("HTTP/1.1 302 Moved Temporarily");
header ("Location: /apli/bin");
exit ();
?>
Los otros problemas venían por parte de la dirección web configurada en las opciones de Elgg. Gracias de todos modos. Saludos!!!