Hola:
Supongo que el sistema empezará a funcionar en un momento del día, cuando abran la página que parece que será en php. Si cuando se abra la página se hace la búsqueda, y se encuentran elementos para hacer la alerta, sería cuastión de generar esa alerta con php.
$sql = "select medicamento from almacen where caducidad < 'fecha_calculada'";
...
if (mysql_num_rows($res) > 0) // aquí generamos la alerta...
...
window.onload = function() {
alert();
}
Si es algo así lo que necesitas, avisa para mover el tema a php...
Saludos
