Hay varias herramientas, ir con el excel... es bastante arcaico y engorroso...
Para controlarlos puedes usar alguna herramienta del mercado o bien programarte una a tu gusto como
backlink checker
Imagina que tienes 5 proyectos, y en cada uno de ellos haces intercambios... y tienes unas cuantas centenas de links a revisar... ¿Vas a ir uno por uno revisando a mano la lista del excel?
No deberia ser así. La perdida de tiempo es brutal.
SEO Power suite tiene uno que lo permite, sino me equivoco... luego existe también Link Manager... O bien SEO Administrator tb tiene un modulo para controlar esto...