hernanchu prueba utilizando la librería TCPDF (http://www.tcpdf.org), me funciona bastante bien, no tienes que estarte peleando con el ob_start(), agregas a una variable tu código html y después lo mandas cargar con la librería.
un ejemplo
Código PHP:
session_start();
require_once('./tcpdf/tcpdf.php');
$pdf = new MYPDF('L', PDF_UNIT, PDF_PAGE_FORMAT, true, 'UTF-8', false);
$pdf->SetCreator(PDF_CREATOR);
$pdf->SetTitle('Mi Directorio');
$pdf->SetFont('helvetica', '', 8);
$pdf->AddPage();
$html='<div>mi código html</div>
<table>
<tr><td>Hola mundo</td></tr>
</table>';
$pdf->writeHTML($html, true, false, true, false, '');
$pdf->lastPage();
$pdf->Output("Directorio_OfCentral.pdf","I");