Cita: Para las personas que utilizan fpdf como libreria para generar archivos PDF con php y tienen el molesto problema de no poder escribir caracteres como (á, é, í, ó, ú, ñ) porque les aparecen unos simbolos extraños, les comento que la solcuión para ello es hacer uso de la función utf8_decode() de php que convierte nuestros caracteres a ISO-8859-1, de tal forma que si desean ingresar el siguiente texto.
"la niña juega en un árbol"
Debemos ponerla de la siguiente forma
utf8_decode("la niña juega en un árbol")
Y listo, tendremos nuestros caracteres bien.
Tomado de otra pagina encontrada en buscador.
O existe algo llamado
UFPDF que es una extension de FPDF para lo que necesitas (El creador dice que es experimental).