El retorno de carro es \n (o \r\n dependiendo del S.O.) ..
Código PHP:
while ($object2=mysql_fetch_object($consul)) {
$cadena2=$object2->idprod;
$cadena2.="|";
$cadena2.=$object2->cantidad;
$cadena2.="\n";
fwrite($fp,$cadena2);
}
así te generá:
id|cantidad
id|cantidad
id|cantidad
(el último | no te hace falta .. si lo que viene es un salto de línea .. Si usas , (coma) como separador de campos estarías generando un archivo en formato CSV .. )
Un saludo,