Cita:
Iniciado por Xerelo 
No es lo mismo acceder a un archivo desde una aplicación de escritorio que en un servidor. Cuanta más información des, mejor.
En un servidor creas la ruta absoluta del fichero a partir del contexto usando getServletContext().getRealPath() o en tu caso podrías usar también alguno de los getServletContext().getResource
Estoy trabajando con Websphere y creo que llevas razón y el problema es que no consigo referenciar el xsd correctamente, ya que lo he intentado dejando el xsd en una carpeta en el escritorio y referenciandola con la ruta absoluta y si funcionaba, el problema es que sigo sin saber como referenciar el fichero xsd que tengo en el mismo proyecto.
Lo que me comentas del getServletContext tiene buena pinta pero no consigo que funcione...
Gracias por la ayuda!!