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Iniciado por maycolalvarez 
lo más sencillo es hacer otro script que por ejemplo extraiga cada binario del pdf de la base de datos y cree un contenedor zip con todo, existen muchas clases para crear contenedores zip para php, suerte
recuerda aumentar la memoria y tiempo de proceso en php para realizar esa tarea que puede ser pesada para el server.
precisamente este script, es el que busco como hacer, como puedo hacer que los extraiga, ahora están en la base de datos y los quiero poner en el servidor, saludos y gracias por tu respuesta.