Ok ahora te entiendo algo mejor ...
vamos a ver, trata de poner el evento OnClick en el tag <a
<TR><TD vAlign="center" width="140" align=center bgcolor="#ffffff" onMouseOver=style.cursor="hand";>
<div align="left"><FONT FACE="Verdana" size=2 color="#0072bb" onmouseover=color="FF0000"; onmouseout=color="#0072bb" >
<A HREF="../menu_madre_y_bebé/menu_madre_y_bebe2.htm" target="mainFrame" onClick="javascript
:linkander();"><strong>Madre y bebé</strong></A></FONT></div></TD>
</TR>
Tendría que funcionarte bien, apareceria la alerta....
Suerte!