@carlesventa
Es dificil contestar tu pregunta sin ejemplos de contenido concretos, ya que html5 relaciona muchas de sus etiquetas con su valor semantico, podría ser, todo depente
Primero convengamos en que nav debe servir como contenedor de una barra de navegación, que incluira probablemente links, un menu digamos.
Si es un menú general a otras páginas, podría ir en el <header>, o si se encuentra en un contenedor lateral, en un <aside>.
Y en el <section>?
supongamos que dentro de tu <section> tenes varios <article>, y como inicio de tu sectión tenes un indice con marcadores internos a cada <article>, suena lógico en principio.
De todas formas te aclaro que por el momento, no tengo idea como va eso a afectar nuestra web, porque todos los ejemplos que veo terminan cayendo en la estructura de un blog.
Habrá que esperar a que el uso de HTML5 sea masivo y ver como se puede sacar ventaja de estas etiquetas excluyendo a los buscadores
Saludos