Php dentro de Javascript

[cuasatar]

Hola, para complementar un poco la respuesta te sugiero un método. Supongo que lo que tienes son unos registros de una base de datos y lo que se desea es eliminar uno en concreto. Yo lo que haria seria listar estos registros y asociarles su respectivo id todo dentro de un formulario. Cuando le das la orden de borrarlo puedes sacar el alert de: Desea eliminarlo? En caso de que la respuesta sea true rediriges tu petición con una función de javascript al lugar donde se encuentra el codigo php donde se borrara, si es negativa la petición haces lo mismo pero a la misma pagina donde te encuentras y que no haga nada.

Espero que mi idea sea de ayuda.

Mientras estaba escribiendo esto salio el aporte de tomark4. Creo que esta explicado muy bien y te puede guiar para hacerlo.