buenas,
veamos por parte. me suena muy raro el tipo de documentación que deseas hacer para html y css, pues estos no son lenguajes de programación. para javascript existen varias herramientas pero no te puedo recomendar alguno porque nunca los he utilizado. de todos modos, en
wikipedia puedes ver una lista de generadores y los lenguajes que soporta.
si, existen estándares web y la mayoría de las documentaciones oficiales las puedes encontrar en w3.org. no hay restrincción de caracteres por líneas ni una norma definitiva de como debe identarse los tags. sin embargo, se recomienda adoptar la práctica de la legibilidad ya que este ayudará agilizar la producción en equipo o para uno mismo. pero esto también depende del tipo de herramientas que utilices. porque si utilizas un editor web, me temo que podrás controlar como el código se genera. sobre las mayúsculas y minúsculas, depende del tipo de documento. por ejemplo, html no distingue entre los dos, pero xml y sus aplicaciones derivadas (xhtml, rss, svg) son sensibles a las mayúsculas y minúsculas.
