Siento el retraso pero no tuve tiempo de volver por aqui.
He subido a
http://acuarioarrecife.es/stl un ejemplo de lo que me ocurre.
El div rojo esta dentro de #main, le aplico un margin-top que deberia ocurrir dentro de #main pero le ocurre a todo #main.
Entra en las herramientas para desarrolladores o Firebug, quitale el margin y veras como asciende todo #main.
Un saludo y gracias :)