ok, quedaria de la siguiente forma:
Código:
<select name="profesor" onchange="document.getElementById('id').value=this.value;">
<option value="0">[SELECCIONA UNA OPCION]</option>
<?php
do {
$id = $row_profesor['rfcdocente'];
$fullName = $row_profesor['Nombre']." ".$row_profesor['ApellidoPaterno']." ".$row_profesor['ApellidoMaterno'];
echo " <option value='$id'>$fullName</option>";
} while ($row_profesor = mysql_fetch_assoc($profesor));
?>
</select>
si lo haces de esta forma ya no necesitas el evento OnClick.