Comparar y concatenar cadena javascript

[ryugen]

Te dejo dos versiones posibles de acuerdo si los codigos vienen en cadenas o arreglos:

Código Javascript:

var cadena1 = '"COD05", "COD02", "COD04", "COD10"';
var cadena2 = '"COD01", "COD02", "COD03", "COD04"';
 
function interseccion(cad1,cad2){
    var resultado = '';
    var codigos = cad1.split(',');       
    for (var i = 0; i < codigos.length; i++){
        codigos[i].trim();
        if(cad2.indexOf(codigos[i]) > -1){
            resultado = resultado + ',' + codigos[i];
        }
    }
    return resultado.substring(1);
}
 
alert(interseccion(cadena1,cadena2));
 
var arreglo1 = ["COD05", "COD02", "COD04", "COD10"];
var arreglo2 = ["COD02", "COD04","COD01"];
 
function interseccion2(arr1,arr2){
    var resultado = [];
    var j = 0;
    for (var i = 0; i < arr1.length; i++){
       
        if(arr2.indexOf(arr1[i]) > -1){
            resultado[j] = arr1[i];
            j = j + 1;
        }
    }
    return resultado;
}
 
alert(interseccion2(arreglo1,arreglo2));
 

Se puede ver funcionando aca: http://jsfiddle.net/p4bl1t0/nKa5g/