Lo que pasa, y de eso me he dado cuenta a partir de este debate, es que si tienes bien estructurado tu theme, osea, con todos los archivos que debería llevar, por ejemplo taxonomy-mitaxonomia.php y cosas así, entonces será menor el tiempo de respuesta del servidor a la hora de que se realice una petición.
Tomando en cuenta el ejemplo que pasé anteriormente, es posible optimizar los sitios mucho más
En cuanto le meta mano al asunto y encuentre alguna solución, o no, estaré posteando por aquí...