Hola:
Pregunto... ¿Acaso fabricas la url con javascript...?
Muchas veces se usan enlaces para lanzar scripts y sin cancelar esos enlaces, entonces se queda el "#" en la url; y si luego fabricas el enlace, el "#" se queda... eso deberías comentarlo, pero ese caracter se usa en los enlaces internos...
Saludos