si me explicas un poco tu estructura aber en index que llamas a inicio.php y al header?
Código:
session_start();
<?php include '
la ruta del archivo inicio';?>
<?php include("cover/header.php"); ?>
<div id="marco">
<div id="header">
<div id="logo">
<div id="menu"><?php include("modulos/mod_menu/menu.php"); ?>
</div>
</div>
</div>
<div id="contenido">
<div id="sidebar"><?php include("cover/sidebar.php"); ?></div>
<div id="conten"><?php include("cover/sistem.php"); ?></div>
</div>
<div id="footframe">
<div id="time"><div class="style23"><?php include("modulos/mod_reloj/reloj.php"); ?></div></div>
<div id="footer"><?php include("modulos/mod_derautor/derechoautor.php"); ?></div>
</div>
</div>
<?php include("cover/footer.php"); ?>
asi deberia de ser si lo haces en el index pero no se tu estructura explica un poco