No, si es el servidor no es una buena salida... antes de que hagas eso tienes que agotar todas las oportunidades.
1. Si tienes un buen antivirus instalalo y ponlo a escanear
2. En una maquina libre de virus crea unos discos de rescate y luego pon tu maquina a botear con ellos y sigue los pasos que te indiquen.
3. Busca antivirus en linea como el del panda software y has el respectivo escaneo del equipo.
4. Identifica que tipo de virus tienes y busca alguna utilidad en las paginas de antivirus bajalas y ejecutalas.
5. Y ya como ultima opcion.. formatear pero como ultima opcion..