Hola dante14.
La función date te permite mostrar las fechas de la manera que quieras.
En el ejemplo que pones, primero deberías montar el string en una variable tipo fecha y luego pasarla de nuevo a string en el formato de tu conveniencia. Algo asi:
Código PHP:
$fecha_1 = "25122011";
$dia = substr($fecha_1, 0, 2);
$mes = substr($fecha_1, 2, 2);
$ano = substr($fecha_1, 4);
$fecha = mktime(0, 0, 0, $mes, $dia, $ano);
$fecha_2 = date("Y-m-d", $fecha);
Saludos.