Eso quiere decir que los colores de tu archivo tiene que ser cambiados a CMYK si quieres que salgan bien e una impresión de 4 colores, ya que las transparencias no pueden ser impresas como tintas planas, pues una transparencia NO ES UNA PANTALLA y no se comporta como tal. Si no entiendes de cuatricromía, te invito a que busques aquí en el foro acerca del tema o búscalo en Google, ya que el tema es muy extenso para poderlo volver a retomar nuevamente.
Si en tu caso, el archivo de illustrator lo vas a utilizar para alguna aplicación de Web o para imprimirlo en alguna impresora casera o láser, no le hagas caso a la advertencia de Illustrator, no tendrás problemas
