Roger, no te entendí la última parte, sobre validar las consultas vacías. Si en un theme utilizara home.php, igualmente dejaría armado un index.php con la maquetación y el código adecuado para mostrar un listado de lo que sea (tags, author posts, category...) por si acaso llego a olvidarme de una de las tantas alternativas.
Para búsquedas siempre tenés la opción de utilizar search.php y concentrar ahí todos los problemas que te puedan surgir con búsquedas...
Igual estoy segura de que no entendí del todo lo que planteás... ¿me repite la pregunta?
