Hola danj.
Segun lo que entendi puedes hacer lo siguiente...
Crear una variable de session con el nivel de la cuenta, Supongo que 1 es invitado, 2 es almacenista y 3 admin; o 4 SuperAdmin...
Pues en el panel donde necesitas las herramietas, puedes hacer un If.
Código PHP:
if($_SESSION['nivel'] == "3")
{
<script src="<?php $this->baseUrl()?>/js/menus.js"></script>
}
else
{
<div id="div_5" class="contenido" style="display: none;"><a href="<?php echo $this->url(array('controller'=>'herramientas', 'action'=>'add'));?>"><input id="del" type="button" value="Agregar herramienta" style="width: auto;"></a></div>
}
espero que te sirva, si tienes dudas, Comenta